Από τότε μέχρι και τον Αύγουστο του 2018 ήταν κρατούμενος στις Κεντρικές Φυλακές πριν εκδοθεί στη χώρα καταγωγής του μετά από σχετικό αίτημα της Αιγύπτου.
Σύμφωνα με συναδέλφους στη αραβική χώρα τα πράγματα φαίνεται να είναι ιδιαίτερα δύσκολα για τον 60χρονο, καθώς αντιμετωπίζει κατηγορίες μεταξύ άλλων πολύ σοβαρές κατηογίες μεταξύ των οποίων αυτές της αεροπειρατείας και τρομοκρατικής ενέργειας. Βέβαια ο ίδιος είχε αναφέρει στις Κυπριακές αρχές ότι ζήτησε την εκτροπή της πτήσης στη Λάρνακα ώστε να επανενωθεί με την οικογένεια του ύστερα από 24 χρόνια.
Όπως ανέφερε ο δημόσιος κατήγορος κατά τη διάρκεια της δίκης, ο 60χρονος απειλούσε και εκφόβιζε τους 72 επιβάτες και τα μέλη του πληρώματος ενώ στόχο είχε να βλάψει τον τουριστικό τομέα της Αιγύπτου, να αποδυναμώσει τη φήμη της χώρας και να δημιουργήσει οικονομικό πρόβλημα στην Αίγυπτο.
Τα ρεπορτάζ σημειώνουν πως κατά τη διάρκεια των ερευνών ο Σεϊφ Μουσταφά ομολόγησε πως το 2015 επισκέφθηκε το Σουδάν για να συναντήσεις τους ηγέτες της «Μουσουλμανικής αδελφότητας» και να ζητήσει να συμμετάσχει σε τρομοκρατικές ενέργειες που θα οργανώνονταν στην Αίγυπτο.
